Doctor en Derecho por la Universidad de Navarra. Profesor de Derecho Administrativo en las Universidades de Navarra, Valladolid y Pública de Navarra. Ha sido letrado asesor del Ayuntamiento de Pamplona y secretario del mismo. Experto en temas de Urbanismo.

Afiliado a UPN en 1982, ocupó un escaño en el Parlamento Foral al año siguiente y fue portavoz de su grupo parlamentario. Entre 1983 y 1987 fue concejal del ayuntamiento pamplonés. En septiembre de 1991 fue elegido Presidente del Gobierno de Navarra, cargo que ocupó hasta 1995.

Escindiéndose de UPN, fue el fundador, en 1995, de Convergencia de Demócratas de Navarra (CDN).

Autor de La Mancomunidad del Valle del Roncal (1989), El Amejoramiento en la historia constitucional de Navarra (1994), Estado y sociedad. Una visión desde Navarra (1997), Navarra, comunidad política diferenciada (1998) y La Cooperación entre la Comunidad Autónoma del País Vasco y la Comunidad Foral de Navarra (2004).

En mayo de 2005 publica, junto a su hijo Juan Cruz Alli Turrillas, un Manual de Derecho Urbanístico de Navarra, editado por el Gobierno foral a través del Instituto Navarro de Administración Pública y que forma parte de la colección Pro Libertate.